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《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条（五）、（六）款规定，非正常损失的购进货物,非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。其《实施细则》第二十一条，非正常损失是指生产、经营过程中正常损耗外的损失，包括：（1）自然灾害损失；（2）因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失；（3）其他非正常损失。
某企业购入原材料时，其帐务处理：
借：原材料
应交税金——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款（应付帐款等）
因为我国现行的增值税实行的是价外税，所以增值税进项税额不记入原材料成本，而记入“应交税金”科目的借方，用于销项税额的抵扣。
购入的原材料发生非正常损失时，其帐务处理：
借：营业处支出
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）
原材料
在产品、产成品发生非正常损失时，其帐务处理：
借：营业处支出
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）
生产成本（库存商品等）
无法准确确定上述在产品，产成品所耗用的进项税额，根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十二条的规定，应按当期实际成本计算应扣减的进项税额。
企业存货资产的非正常损失，其所含的增值税应作增值税进项税额转出，记入“应交税金”科目的贷方，补缴税款或用于冲减增值税进项税额。
《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》第八条规定,与纳税人取得收入有关的税金，即纳税人按规定缴纳的消费税、营业税、城乡维护建设税、资源税、土地增值税。第二十三条，纳税人当期发生的固定资产和流动资产盘亏、毁损净损失，由其提供清查盘存资料，经主管税务机关审核后，准予扣除。国税发[2000]第084号第五十一条，纳税人缴纳的消费税、营业税、资源税、关税和城市维护建设费、教育费附加等产品销售税金及附加，以及发生的房产税、车船使用税、土地使用税、印花税等可以扣除。
国税函[2000]第579号文件第二款规定，企业因存货盘亏、毁损、报废等原因不得从销项税金中抵扣的进项税金，应视同企业财产损失，准予与存货损失一起在所得税前按规定进行扣除。
企业因存货盘亏、毁损、报废等，其帐务处理为：
借：营业处支出
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）
原材料（生产成本，库存商品等）
此时的存货资产为不含税价，企业在进行存货核销时，不但要冲减存货的成本，还要作相应的进项税额转出，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条的规定，应缴纳盘亏、毁损、报废的存货中所含的相应的增值税税金。
根据国税函[2000]第579号文件的规定，上述不得从销项税金中抵扣的进项税金，准予与存货损失一起在所得税前扣除。由此规定可知，盘亏、毁损、报废的存货中的税金损失将由国家的所得税来承担，这与《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》第八条和国税发[2000]第084号有关的税金的扣除范围是相违背的。另外，如果由于纳税人的缘故，让不得从销项税金中抵扣的进项税金与存货损失一起在所得税前扣除，这以减少所得税为代价，让纳税人的负担转嫁给国家，很显然与税收的立法宗旨背道而驰。
笔者认为，对企业因存货盘亏、毁损、报废等原因不得从销项税金中抵扣的进项税金，应区别不同的情况进行税务处理，如因纳税人自身的责任（如管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等）而发生的损失，其不得从销项税金中抵扣的进项税金就不得在所得税前扣除，对企业非自身主观因素（如自然灾害等）而发生的损失，其不得从销项税金中抵扣的进项税金可视同企业财产损失，准予与存货损失一起在所得税前扣除。
